宫颈囊肿的形成和宫颈糜烂愈合有关，即当宫颈糜烂处于愈合的状态时，会促使腺内体的分泌物无法向外流出，导致新生的鳞状上皮出现过度的增生，覆盖于宫颈腺管口上，或者伸入腺管，阻塞了宫颈腺管。随着腺管周围的结缔组织的增生和瘢痕形成，逐渐压迫腺管，使得腺管越来越窄甚至阻塞，腺体分泌物的引流受到阻碍，滞留形成囊肿。

宫颈囊肿一般较小，小的囊肿只有小米粒大小，大的囊肿可以有玉米粒大，且呈分散状态，在宫颈表面突出或有糜烂状。患有宫颈囊肿的女性也不必担心，通过及时的治疗，能够减少宫颈囊肿的扩散，减少盆腔炎、子宫内膜炎、附件炎等疾病的诱发可能性，也避免引发女性不孕或者癌变。