1、遗传因素

如果胚胎的染色体数目或结构出现异常，就会导致胚胎发育不良。这是流产最常见的原因，在自然流产原因中占60%-70%，约2-4%的习惯性流产与遗传因素有关。

2、母体疾病

女性患有内分沁失调、子宫发育异常、宫颈不健康、宫颈松弛、子宫肌瘤等妇科疾病都可以引起习惯性流产。另外，患有严重的内科疾病，如肾病、心脏疾病、甲状腺功能低下等问题，也可以出现流产。

3、外界因素

孕妇大量饮酒、吸烟（包括被动吸烟）、接触化学性毒物、严重的噪音和震动、高温环境等都可导致胎盘和胎儿受损，造成流产。

4、父方因素

有关研究显示，大约有10%-15%的男性精液中含有一定数量的细菌，可影响孕妇使胚胎流产，近来发现有一种无症状的菌精症可导致孕妇流产。