事实上，子宫内膜异位症的分期主要是根据术中所见的腹膜、卵巢病变的大小及深浅，卵巢、输卵管粘连的范围及程度，以及直肠子宫陷凹封闭的程度进行评分，按照分数划分成不同的时期：1～5分为1期，6～15分为2期，16～40分为3期，大于40分则为4期。这是目前最常用的子宫内膜异位症的临床分期，为美国生殖学会（ASRM）首次提出并三次修订的rAFS评分。

子宫内膜异位症4期的患者得分在40以上，表明症状很严重，病变情况不容乐观，应该积极进行治疗。子宫内膜内异症的临床特征为渐进性痛经，是常见而突出的特征，多为继发性，即自发生内膜异位开始。而且，患者还会有进行性加剧的周期性直肠刺激症状，且这种症状罕见于其他妇科疾病，是诊断本症非常有价值的症侯。另外，约有50%左右的子宫内膜异位症的患者同时伴有不孕，这是很严重的后果，而且概率也是非常高。